A “Villa Peyron il Bosco di Fontelucente” si possono trovare tutte le piante che fanno parte della tradizione del giardino italiano.
Il bosso si trova nelle sue forme più classiche: a siepe piantata in doppia fila, con forme sferiche agli angoli o al centro dei parterre, e anche tagliato in sagome più raffinate come nella siepe che disegna ad archi e sfere la rampa centrale di collegamento tra il primo ed il secondo livello del giardino.
I cipressi dominano le quinte della scenografia pensata da Peyron: ai lati del secondo terrazzo sono piantati vicini tra loro, ma tenuti nella forma libera del cipresso toscano nella varietà pyramidalis. Nel quarto livello, disegnato da una aiuola ovale, sono invece tagliati a siepe alta come a villa Gamberaia.
Una quercia, circondata a sua volta da alte siepi, è stata potata ad ombrello e allarga i rami creando uno spazio raccolto come un vero cabinet di verzura nella terrazza più bassa.
Anche i grandi cedri, dei quali uno ne rimane nei pressi del Piazzale della musica, costituiscono interessanti presenze vegetali.
Davanti alla facciata della Villa e sotto alla camera del proprietario un grande osmanto profuma l’aria nei mesi di settembre e ottobre.
Il bosco che circonda il Giardino mantiene la caratteristica vegetazione originaria, con roverelle e cipressi ed un sottobosco di viburno.
Ortensie, la collezione in vaso di limoni e agrumi vari, i vasi di azalee, camelie e rododendrinella parte più ombrosa, arricchiscono di colore il giardino; ma la presenza più straordinaria è rappresentata da una annosa pianta di glicine sul parapetto della terrazza della casa
Come uno dei membri fondatori della “Società italiana dell’iris” Paolo Peyron aveva una ricca collezione di iris, andata pressoché distrutta ad opera degli animali selvatici, della quale rimangono oggi pochi esemplari fra i quali si segnala lo Iris unguicularis, abbastanza raro e pregiato per la sua fioritura invernale.
Un recente studio botanico promosso dalla Fondazione ha individuato una discreta biodiversità vegetale con quasi 300 specie catalogate, alcune delle quali anche piuttosto rare ed endemiche, fra le quali si evidenziano almeno cinque orchidee spontanee, la aristolochia (Aristolochia rotunda) ed il giacinto di Webb (Bellevalia webbiana), del quale si conoscono ad oggi solo altre due stazioni in Toscana.
Con lo studio sono state individuate almeno 13 specie vegetali più rare e minacciate (emergenze), inserite nelle liste per la tutela degli habitat, della flora e della fauna selvatica della Legge Regionale n. 56-2000 (allegati A, C), presenti nel Complesso di Villa Peyron.