La Villa ha una superficie complessiva coperta di 3.800 mq., a cui si devono aggiungere i 200 mq. della biglietteria e book shop su Via dei Bardi, i 100 mq. della loggetta belvedere ed i 300 mq. delle 2 limonaie dietro la loggetta, il tutto quindi per una superficie complessiva coperta di circa 4.400 mq.
Il primo livello della Villa è destinato alla biglietteria-bookshop e ad un ampio bar–ristorante, dotato anche di una vasta terrazza panoramica.
Al secondo livello sono invece ubicati la sede della Società Toscana di Orticoltura, una Biblioteca, gli uffici della Fondazione Parchi Monumentali Bardini e Peyron e una sala conferenze, corredata dei più moderni impianti audiovisivi e di videoconferenza, che potrà così ospitare iniziative culturali di ampio respiro.
Il terzo e quarto livello sono destinati a spazi espositivi e museali quali il museo Annigoni (3) ed il museo Capucci con il suo prezioso archivio (3 e 4).