La Villa fu costruita nel 1641 su di una preesistenza di impianto medievale dall'architetto Gherardo Silvani (1579-1675) per il suo amico Francesco Manadori (1577-1656), da cui il nome di Villa Manadora. La splendida posizione panoramica fece attribuire alla costruzione anche la denominazione di Villa Belvedere: un edificio che ricorda i "Casini di Delizia" diffusi a Firenze tra la fine del Cinquecento e la prima metà del Seicento, nati per la delizia dei signori e circondati da coltivazioni agricole con fini non solo produttivi, ma anche ornamentali.

La Villa Belvedere appartenne in seguito alla famiglia Cambiagi e poi, all'inizio dell'Ottocento, a Luigi Le Blanc e a suo figlio Giacomo. Nel 1839, in seguito alla riunificazione di tutta la proprietà, pervenne alla famiglia Mozzi per passare successivamente, con tutto il complesso, alla famiglia  Carolath von Beuthen dopo il 1880 e quindi, nel 1913,  a Stefano Bardini.

Il nucleo originario della Villa aveva una struttura semplice, con una pianta rettangolare di dimensioni ridotte (mt 10x25) sviluppata su tre piani di altezze diverse, tra i quali un attico con una serie di aperture circolari. Tale edificio fu oggetto di successivi interventi di ampliamento nel corso dell'800 e, nei primi anni del ‘900 l'intera Villa fu sopraelevata di un piano dall'antiquario fiorentino Stefano Bardini.

La famiglia Bardini vi abitò per anni ed ora dopo un lungo e complicato iter burocratico amministrativo iniziato nel 1965 dopo la morte del figlio di Stefano Bardini, Ugo, e un lungo e minuzioso restauro, finalmente viene aperta al pubblico.